抵抗を、さらに選別した。
ええっと、ちゃんと言うと、Ｒと２Ｒに使うところの１０ｋΩの抵抗を、０．２５Ω（０．００２５％）ごとに分類した。

写真は、２Ｒのところに使う、抵抗を分類しているところ。これを、２本直列に組み合わせます。
ええっと、Ｒのところの抵抗は、１Ωの抵抗もしくは、０．５Ω（１Ω並列）、もしくは４．７Ωの抵抗を直列に加えて乗り切ることにした。
で、テストしてる様子。

ええっと、測定したいところまで、カウンターを進めた後、可変抵抗で、テスターのレンジにあわせて、そのあと、１つづつカウンタを進めます。
結果は、、、
完璧です。
桁上がりのところも、若干予想してた通り、わずかに、電圧差がすくなくなる程度。
跳びがあると、どうしようもないので、ロジックＩＣの出力抵抗を３５Ωぐらい（低め）に設定したんだが、こんな精度いいんだったら、３８Ωぐらいに設定すればよかった。かといって、作り直すほどでもない。
４０９６回すべてを測定するわけにはいかないが、測定した限りでは、桁上がりのところも含めて、１段階あたりの差は、３．３Ｖ÷４０９６＝０．８１ｍＶの、±１０％以内に収まってる。
さて、他の部分もここに作りこみたいが、これは、いったん、基板に半田付けするしかないなあ。（もうひとつブレッドボードを買う、というのもあるけど、勿体無い。）

４月１０日追記：
十分精度が出てるので、Ｒのところの抵抗を、０．５Ω単位に調整する（１Ωの抵抗を並列にして、１０ｋΩの抵抗に対し直列につなぐ）のをやめて、その他多少組み替えた。基板に実装するとき、面倒だからね。
で、ちょっとまじめに測定してみた。
ええっと、２０４８の桁上がりのところだけ、若干誤差がおおきくなったが、ま、全然いいや。
ということで、３．３Ｖ÷４０９６＝０．８１ｍＶに対し、
２０４８の桁上がりのところだけは、若干少なくて、０．５ｍＶ程度。
それ以外は、０．７５ｍＶから、０．８７５ｍＶ程度には収まってる感じです。
収まってる感じ、、、、といういい加減な言い方は主観が入った言い方なんだが、これを断定調に言うのは、この測定方法では、厳しい。なぜかというと、だって、値をメモってる最中にテスターの数値が変わるとかで、１段階の差を、手早く読み取らないとダメだとか、自分の性格（悲観的）にも影響してしまうような測定しかできないので。