例えば、以下のような操作をした場合

x月ｙ日：　　　６円の株を１００００株買う。手数料などで、５０円かかった。
で、以下、簡単のため、手数料０円とする。
ｘ月ｙ+1日：　取得単価の表示は７円　　(10000×6+50)/10000=6.005 切り上げて7円
　　　　　　　　同じ株を今度は５円で9000株買う.
　　　　　　　　つまり、5円で9000株買う。

この時点での取得単価
　　　　A社　｛7円×10000+5円×9000 ｝÷19000　= 114500÷19000 = 6.052 切り上げて7円
　　　　B社　｛60050円　+5円×9000 ｝÷19000　= 114500÷19000 = 5.52 切り上げて6円

この差は大きいぞ！
これを６円で売ると、
　　　　A社では、１９０００円の損失を計上できる。
　　　　B社では、計上できる損失は０円。

実質的には、両方とも、8950円の、儲けですが、税金上の話をしてます。

ちなみに、以上を応用すると、株式譲渡益税は、個人レベルでは、払わなくてよい方法がある、というのは、内緒です。

国の制度が腐っているのは確かだけど、、、証券会社も、適当かと思います。

なお、俺の考えだと、B社の計算方法が間違っているかと思います。
ま、その前に間違っているのは、国の制度だけどね